Pelaksanaan Capstone Project di PS KA terdiri dari tiga tahapan, yakni; Tahap 1 (Initial Planning), Tahap 2 (Product Development), dan Tahap 3 (Implementation). Pada tahap Initial Planning, Mata Kuliah yang terkait adalah Analisis dan Perancangan Sistem Informasi serta Mata Kuliah Database Administration. Pelaksanaan tahap 1 meliputi proses analisis kebutuhan user, perancangan diagram alir data dan pembuatan proposal proyek. Output dari tahap 1 ini adalah Proposal Proyek. Tahapan berikutnya, yakni Project Development, Mata Kuliah yang terkait adalah Pemrograman Web 2. Pelaksanaan tahap 2 merupakan tindak lanjut dari output tahap pertama. Proposal proyek yang merupakan output dari tahap 1, dijadikan dasar untuk penulisan kode program dan pembuatan basisdata pada tahap ke 2 ini. Output dari tahap ke 2 ini berupa Aplikasi. Tahap terakhir dari Capstone Project ini adalah Tahap Implementation, dimana Output dari Tahap ke 2 diterapkan atau disimulasikan menggunakan beberapa pilihan kasus. Mata Kuliah yang terkait pada tahap ke 3 ini adalah Mata Kuliah Kewirausaaan, Pemeriksaan Akuntansi dan Anggaran.
